Črnigoj je bil obtožen zlorabe položaja in povzročitve velike gospodarske škode s prodajo delnic Stavbenika leta 2001. Črnigojeva zagovornika Danilo Grilj in Janez Koščak pa sta za Črnigoja predlagala oprostilno sodbo. Po mnenju Grilja tožilstvo obtoženemu Črnigoju ni uspelo dokazati kaznivega dejanja. Po mnenju Koščaka "ugibanja in špekulacije o tem, da bi kdo drug želel kupiti delnice Stavbenika